La température n'est pas un élément important ni déterminant pour juger de la qualité d'une eau. Elle peut éventuellement mettre en évidence des contrastes de température de l'eau sur un milieu, ce qui donnerait des indications sur l'origine et l'écoulement de l'eau et suggèrerait la présence probable d'une pollution thermique. Des changements brusques de température sur un même milieu de plus de 3°C s'avèrent ainsi souvent néfastes. Ce paramètre joue par ailleurs un rôle important en ce qui concerne la solubilité des gaz dans l'eau. Ainsi si la température augmente, la solubilité des gaz dans l'eau diminue, ce qui a un impact sur les organismes. Une hausse importante de température peut enfin augmenter la sensibilité des organismes aux substances toxiques et l'effet toxique des substances chimiques.
Première hypothèse, la température sera sûrement plus froide à la source située dans le Haut-Doubs à Mouthe, surnommée « la Petite Sibérie ». Peut-être que la différence de température sera importante, pouvant éventuellement mettre en évidence un rejet d'eaux usées dans le Doubs le long de son parcours.